顺治十六年，清军主力在云贵集结交战，郑成功趁势发动进攻，展开了图谋南京的大业。
当时清军主力几乎都集结在了以贵阳、昆明为中心的地带中，整个长江防线上的清军并不是特别多。这种局面也恰恰给了郑成功一个突袭的机会。郑成功抓住此次战机，想要夺取南京。
南京当时虽然已经被清廷改为江宁府，可是这里仍然是长江两岸最为重要的统治中心。
三月，郑成功统帅大军在舟山集结，揭开了挥师南京的序幕。
郑成功的意外进军，给与了南京之地极大的震动。各地守军纷纷动员起来，抵抗郑成功的进攻。重兵扼守崇明岛征调苏州、常州两府兵力，拱卫松江征调江宁府兵力驻军于福山、圌山、谭家洲。
同时，清军为了防止郑成功侵入长江防线，在金山、焦山两岸增设铁索，拱卫两岸防线。
清军之所以如此调兵设防，正是因为各地兵力并不充足，几乎所有的精锐兵力都集中到了前线战场云贵两地，此时郑成功的突发进攻完全出乎了所有人的意料。
南京周围的瓜州、镇江为拱卫南京城的两大据点，想要顺利的拿下南京城，这两个地方是必取之地。在确定了攻击目标之后，郑成功为了能够迷惑敌军，先率领大军进攻定海，佯装要进攻浙江宁波。
在定海虚晃一枪之后，郑成功则带领主力部队从舟山出发，开始了谋取南京的征伐之路。
当时的崇明岛被清军重兵驻守，因为所有人都觉得郑成功一定会先谋取这里，可是崇明岛为孤僻小岛，并没有很大的军事价值。
为此，郑成功放弃了对于崇明岛的攻占，而是率领水师从溯江而上，直扑瓜州和镇江。
可是让清军想不到的是，郑成功的水师所到之处均无进攻迹象，看着郑成功不停的西行，清军才明白了郑成功的真正意图，原来郑成功是想要先行攻下镇江。
镇江之所以被郑成功是为必拿之地，是因为镇江是扼守着水路和陆路的交通要道，只有拿下这里郑成功才能控一地而制四方之援军。
当郑成功的大军在江水行进时，发现镇江已经被重兵驻守，于是转攻北岸的瓜州。此时的长江两岸均被清–铁索联结，郑成功的大军想要上岸夺取瓜州，势必要先行破除岸边铁索。
于是，郑成功下令召集了十余人深夜持斧砍断了铁索，大军在焦山成功的上岸。当前锋部队突袭到瓜州时，郑成功火速带领大军直扑瓜州。随着郑成功大军的到来，清军的援军也开始陆陆续续的驰援瓜州。
幸运的是，当时天降大雨。
清军的骑兵部队深陷泥沼之中，无法交战，郑成功则趁势发动攻击，不仅仅击溃了援军，还顺利拿下了瓜州。
郑成功的大军在北岸登陆之后，处于南岸的镇江就变得愈加的危急。
整顿兵马之后的郑成功再一次登船入江，从南岸登陆，率领大军侵逼镇江，镇江城守将举城投降。
长江两岸的两座重镇被郑成功的大军顺利拿下，郑成功命令大军休整一番，再谋南京。
但是，休整一番之后，郑成功的阵营中却出现了不同的声音。
镇江、瓜州两地可以说是重中之重的军事要地，镇江可以扼守浙南粮道，瓜州可以扼守江淮之地的北地援军，如果不对这两地多加经营，一旦两地失守，图谋南京的大业也就彻底落空了。
可是郑成功却毅然决然的踏上了谋取南京的道路。
郑成功进攻南京可走水路，也可以走陆路。可是当时的江面经常狂风怒卷，风向不定。而陆路则因为刚刚大雨滂沱，也许行军会遇到很大的困难，郑成功部下又以帐下士兵多为水军，习惯水上作战，主张从水上进军。
郑成功帐下的张煌言力主郑成功带领大军从陆路趋近，兵贵神速的拿下南京城。然而郑成功还是选择了水路，同时命令张煌言带领前锋部队先行进军，自己则带领大军随后跟进。
在张煌言抵达南京城下后，郑成功大军依旧没能及时到达城下。
而抵达南京城张煌言又被郑成功派去扼守芜湖，张煌言无奈，只能带兵驻守芜湖。
抵达芜湖的他同时下令分兵四路扼守和州、溧阳、池州、徽州，在张煌言分兵驻守四处之后，郑成功的大军终于抵达南京城下，他火速下令将南京城围了起来，此时南京城中士兵仅仅万余人，可是郑成功为了稳妥，却迟迟不肯下达进军命令。
恰恰是这个时候，南京城中又有官员出城请求郑成功宽限时日，到期他们自然会献城投降。郑成功早已认定南京已经是瓮中之鳖，拿下它指日可待，遂同意了他们的请求。
可是，郑成功的这项举动，恰恰贻误了良好的战机。
郑成功的放松警惕，让越来越多的援军从崇明、松江两地涌了过来，他们趁着郑成功放松警惕的时候，偷偷进入了南京城。而南京城巡抚蒋国柱更是趁机号召城内的勇壮青年加入南京城守卫战。
一时间，南京城的兵力得到了极大的补充。
正当郑成功因为大军围困南京城沾沾自喜之际，梁化凤看郑成功营帐防御松弛，遂带领了五百骑兵出城突袭，成功破掉了郑成功的一处营帐。
然而事情还在朝着更加病态的方向发展，郑成功竟然在此时下达了深夜移营的命令，准备重新部署兵力配置。第二天一早，梁化凤料定郑成功的大军深夜移营，必定此时十分疲惫，遂带领主力大军从南京城冲杀出来，郑成功的大军仓皇迎战，中军大营被攻破，退回到镇江。
退到镇江的郑成功眼看清军追杀过来，遂决定再次退兵，准备拿下长江出海口崇明。可是，郑成功的军队早已经丧失了斗志，崇明久攻不下之后，郑成功退守舟山、金门。
而位于长江上游的张煌–在攻打铜陵，庐州也被张煌言成功的招抚，可谓是形势一片大好。听到郑成功在南京兵败的消息之后，张煌言带领准备前去会师，可是没有想到南京的清军已经扼守江上，张煌言只能移舟上岸，绕行了两千里之地，途径徽州、淳安、东阳，随后才回到了海上。
郑成功这次进攻南京的计划给与了清廷极大的震动，可是大事将成，他心中所谓的自傲，一步步的吞噬掉了他的美梦。所谓的千秋伟业，在郑成功退兵之路上也渐渐飘散开来，成为了他一生触而不得的美梦。
