公元681年，天武天皇着手制定了《飞鸟净御原令》，并在同一年制定了向官吏支付俸禄的规定。
公元686年9月9日，天武天皇去世，其皇后鸬野赞良即位，是为持统天皇。持统天皇即位不久，对《飞鸟净御原令》进行了修改和完善，于689年正式施行，并于次年完成了全国户籍的编制工作，以国、郡、里为主的地方行政体系也逐渐完备起来。国设国司，郡设郡司，里设里长。除此之外，还在重要地区设特别行政机关。例如在京城设左、右京职，负责京城事务。在外交上的重要地区摄津设管理难波的摄津职，在国防重地北九州筑紫设大宰府，统辖九州地区的民政和军事。飞鸟净御原令在日本历史上举足轻重。
